继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对立一个潜伏在世界中的庞大要挟，并逐渐探求这些巨兽们的来源以及骷髅岛等地的微妙。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战役发明出了这些超凡的生物，并深入影响了人类世界的命运。